Le HCCA est administré par un Comité directeur composé de 12 membres, 7 représentants des sociétés coopératives agricoles et de leurs unions élus et 5 personnalités qualifiées nommées en raison de leur compétence par le Ministre chargé de l’Agriculture et de l'Alimentation. Les membres du Comité directeur sont élus au scrutin secret ou désignés pour une période de quatre ans, renouvelable une fois. Ils se réunissent aussi souvent que nécessaire et au moins quatre fois par an, sur convocation de son Président ou à la demande d'un des commissaires du gouvernement.

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Deux commissaires du Gouvernement siègent au Comité directeur du HCCA avec voix consultative, l'un a été désigné par le ministre chargé de l'agriculture, l'autre par le ministre chargé de l'économie sociale.

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Le commissaire du Gouvernement désigné par le ministre chargé de l'agriculture peut exprimer son opposition à une délibération du comité directeur et demander une nouvelle délibération. Il exerce ce droit dans les quinze jours qui suivent la réunion.